A82
再度メールを頂きありがとうございます。
当方は設計事務所ですので、不動産の売買に直接かかわっておりませんが
不動産屋さんから聞いた話では、
違法建築と知らずに買った相手から、「合法でないものを買わされたと」後でクレームをつけられ、
売買価格の値引きに応じざるをえなかったというような話を聞いた覚えがあります。
（初めから違法を知っていて、納得して購入する場合は別だと思いますが・・・）
だだし、建ペイ及び容積率オーバーの既不適格建築物で一番多いのが都市計画道路によって元々建てた時は合法であったのが、
計画道路の拡幅のために敷地をとられて道路が広がった場合、これも既存不適格ですが、元々は合法に建てられているので問題ありません。
（計画道路により元々の敷地が半分程度になることはよくあります。）
尚、違法建築物の建築基準法の措置としては建築基準法（第９条）の違反建築物に対する措置で詳しく定められております。
一般的には、近隣から違法ではないかという連絡があった時点で調査をし、最初に意見聴取をし、
違法だとなった場合に建築主に対して是正命令が来ます。
それに従わない場合は使用禁止等（建築物の除却、使用制限等）の措置がとられます。
（購入された善意の第3者に対する措置は明確には役所に確認してみないとわかりませんし、役所も対応に困るのではないでしょうか？）
今回、現状敷地に対してかなりオーバーしているようですので、確認された方がよいかと思います。