Ａ35.早速ですが、調整区域内の宅地における建替えについてのご質問に回答致します。
頂いたメールの内容から、概ねの経過は理解できましたが、
一つは農地転用と確認申請（開発許可）は手続きにおいては、基本的には別々の申請で、
農地転用は小作人等の問題がなければ、届出をすれば普通は許可がおります。
（農地から宅地への変更は、普通は特に問題なく出来ます。）
開発許可の方は、手続きがかなり複雑で、概ねホームページに記載の通りですが、
簡単には家は建てられません。
今回の場合、推測ですが、現在お住まいの家を購入した時は、市街化調整区域の線引きをした時は、
まだ市街化調整区域内ではなく、用途地域が無指定の区域（若しくは市街化区域）であった可能性が高いと思います
調整区域以外の区域であれば通常の確認申請のみで家は建てられます。
都市計画区域外では、場合によっては確認申請がいらないケースもあります。おいてはけい
昭和54年、家を購入した後に、新たに市街化調整区域の指定を受ける場合もありますので、
そのケースに該当するのではないかと思います。
ホームページに記載の様に平成13年までは「既存宅地制度」があり、調整区域の線引き前に（昭和45年以前）
建てられた住宅の
建替え等は可能でしたが、この制度はすでに廃止になっております。(平成13年5月18日)
よって現在、建築、建替え可能なケースとしては、都市計画法 34条第8項の3による場合と
ハウスメーカーさんが調査された、分家という形で農地を宅地に変更し、身内、親族のものは家を建てる場合のみであると思います。
（ただし、後者の基準は全国どこでも定められている基準ではなく、お住まいの地域に限定された基準だと思います。）
よって状況から判断すると、都市計画法 34条第8項の3のケースに該当する場合のみ立替が可能ではないかと思います。
（ただし、役所の基準でその他にもたてられるケースもあるかもしれませんので、確認されたほうがよいと思います。）
また
「・店舗用住宅としてならば建築可能の場合がある。→今の土地は旗ざお状の土地で、現在の店舗用住宅の法律の道路に対し１／６以上面することに該当しない。」
上記内容に関しては、当方ではわかりかねます。（多分その地域の条例等で定められた基準ではないかと思います。）