A13.固定資産税・不動産取得税等の軽減における床面積の条件についての相談に関して回答致します。
軽減措置を受ける場合の床面積の算定は、建築基準法上の確認申請の面積ではなく、登記簿謄本の面積とも異なります。
税務署が家屋を評価する場合の評価基準によって床面積が算定されます。厳密な算定基準は当方では分りませんが、登記簿上の面積は
ある程度参考（目安）にはなると思います。
基準法の面積の算定の仕方も国土交通省（旧建設省）により概ね定められておりますが、各行政庁により若干算定の仕方が異なる場合があります。
例えば、ピロティやポーチの床面積の取り方（床面積に算入するかしないか）や、
機械式の駐車場の場合その床面積+15平方センチ/1台で算定するなど確認申請上の面積の取りも定められております。
尚、基準法上の面積の算定は基本的には壁芯計算になります。
登記の場合は、実際の内寸法で算定するようなので、基準法の面積より若干少なくなるようです。
固定資産税等の評価額を算定するに当たっての床面積は、その建物の価値を評価する場合の（固定資産税の評価基準）床面積ですので、
税務署がこれは課税の対照となると判断されれば建築基準法上抜ける部分でも算入される場合もあるかと思います。（その逆のケースもあると思います。）
また、確認申請を提出しても実際にその通りに施工されているかどうかや、確認申請を必要としない増築等で、実際床面積が増える場合もあると思います。（固定資産税・不動産取得税等の軽減における場合は新築時だけですが）
最終的には税務署の判断となります。（各税務署によっても若干基準は異なるかと思います）